Die fünf Evangelisch-Lutherischen Kirchengemeinden der Stadt sind eigenständig, arbeiten aber auf unterschiedlichen Gebieten zusammen.
In der Innenstadt liegen die Domgemeinde, die Schelfgemeinde (St. Nikolai) und die Schloßkirchengemeinde. Die Friedenskirchengemeinde mit der Paulskirche, dem Bernohaus und der Versöhnungskirche umfasst den Westen der Stadt bis Friedrichsthal und Warnitz. Auf dem Großen Dreesch, Neu Zippendorf und Mueßer Holz ist die Petrusgemeinde zu Hause.
Die Landeskirchliche Gemeinschaft ergänzt die Angebote der fünf Kirchengemeinden.