Bei einem großen Stadtbrand 1397 ist der einstige Kirchenbau im romanischen Stil fast völlig zerstört worden. Um rasch einen Neubau der Kirche zu befördern, verlieh am 6. Juni 1397 der in Malchin anwesende Johann, Bischof von Garda und Weihbischof des abwesenden Johann von Camin, der abgebrannten St. Johanniskirche zu Malchin einen Ablass „zur Wiederauferbauung und Ausrüstung“.

Schon 1440 konnte der neue Kirchenbau geweiht werden. Er wurde als eine dreischiffige gotische Basilika aufgeführt. Die ursprünglich gotische Turmspitze ist im Jahre 1648 heruntergefallen und wurde dann durch die barocke Haube, die 1897 noch einmal etwas verändert wurde, ersetzt.
Die gotische Kirche ist ein Sinnbild, dessen Merkmale die schön gegliederte und sichtbar gemachte Struktur der tragenden und verbindenden Bauelemente einerseits, und die Behandlung des Lichts, die „Durchsichtigkeit der Wände“ andererseits sind. Unsere Kirche – ein Raum der Ruhe mit großen Fenstern zur Außenwelt. Der Altaraufbau ist ein Werk aus dem Jahr 1824. Das Gemälde, das die Kreuzigung Christi zeigt, wurde von Wilhelm Krüger geschaffen. Die umgrenzenden Säulen sind aus Stucco-Lustro, einem Marmorersatz, hergestellt. Obenauf stehen die Apostel Petrus und Johannes. Die Kreuzigung Christi wird eingerahmt durch die Kirchenfenster zur Linken und zur Rechten, die 1902/03 eingesetzt wurden. Unter den beiden Fenstern finden sich zwei alte Grabsteine, von denen der linke einen Güstrower Domherren, Nikolaus Breyde, zeigt. Der rechte Grabstein erinnert an Dr. Johannes Sadenwather, einen verdienstvollen Malchiner Bürgermeister und Chronisten, nebst seiner Frau.

Der barocke Prospekt der Orgel stammt von einer alten Orgel aus dem Jahr 1780 und wurde belassen, als der Mecklenburger Orgelbauer Friedrich Friese 1877 eine neue Orgel für die Kirche baute. Die Orgel hat zwei Manuale, Pedal und 28 Register. Das Mecklenburgische Wappen an der Empore erinnert an die Landtage in Malchin.

In der Marienkapelle wird über der Lütkemüllerorgel aus dem 19. Jahrhundert die Triumpfkreuzgruppe aus dem 15. Jahrhundert aufbewahrt, die einst über den Stufen zum Altarraum der großen Kirche ihren Platz hatte.
Der größte Schatz unserer Kirche ist der Marienaltar aus dem 15. Jahrhundert. Dieses Werk diente ursprünglich als Hauptaltar nach der Neueinweihung unserer Kirche 1440. Im Zentrum der geschnitzten Festseite steht die Krönung Mariens, der Mutter Jesu. Ihr zur Seite finden sich 36 Heilige, darunter auch die zwölf Apostel. Die äußeren Bildtafeln der Altarflügel erzählen aus dem Leben Jesu, seine Geburts- und Leidensgeschichte, sowie von Johannes dem Täufer und Legenden aus dem Leben Johannes des Evangelisten.
 

Technische Maße der Kirche:
Höhe des Kirchenraumes: 22 Meter
Länge: 42 Meter
Höhe des Kirchturmes: 65 Meter