Die Ev.-Luth. Slütergemeinde wurde - wie deren Gemeindehaus - benannt nach dem Rostocker Reformator Joachim Slüter, Kaplan an der St.-Petri-Kirche, gestorben am 19. Mai 1532.
Das Dorf Dierkow gehörte seit seiner Gründung zur Kirchgemeinde Toitenwinkel.
In den Jahren 1935-1937 wurde die Stadtrandsiedlung Rostock-Dierkow mit den Teilen Dierkow-Ost und Dierkow-West gebaut. Die Einfamilienhäuser wurden vorrangig von Angestellten der damaligen Rostocker Flugzeugwerke bewohnt.
Im Jahre 1980 erfolgte die Grundsteinlegung für das Neubaugebiet Rostock-Dierkow.
Am 31. März 1937 wurde Rostock-Dierkow durch ein Kirchengesetz der St.-Petri-Gemeinde angeschlossen. Mit Wirkung vom 1. April 1950 wurde Dierkow zur selbständigen Kirchgemeinde mit dem Namen "SLÜTERGEMEINDE" erklärt . Gleichzeitig wurde für die Slütergemeinde eine eigene Pfarrstelle errichtet.
Das Slüterhaus wurde 1951 als Pfarr- und Gemeindehaus errichtet.