Die Klosterkirchengemeinde wurde 1999 mit der Stadtkirchengemeinde vereinigt. Zwei Jahre zuvor hatte der Malchower Kirchentausch stattgefunden: die Stadt trat die Stadtkirche an die Kirchengemeinde ab und übernahm von ihr die Klosterkirche mit der Idee, ein Orgelmuseum einzurichten. Aber die Kirche wurde nicht entwidmet, sodass weiterhin Gottesdienste gefeiert werden können.

Enorme Anstrengungen zur Restaurierung der neogotischen Kirche folgten. Sie war 1846 von Friedrich Wilhelm Buttel anstelle des vom Klosterkonvent bis dahin genutzten Vorgängerbaus errichtet worden. Allerdings war sie rund 40 Jahr später vollständig ausgebrannt. Der spätere Hofbaurat Georg Daniel, zudem Erbauer der Stadtkirche (1873), wurde gebeten, das Buttelsche Erbe wieder aufzubauen.

Das Mecklenburger Orgelmuseum macht seinen Besucher*innen seit 1997 die Geschichte des Orgelbaus zugänglich. Außerdem übernimmt es Orgeln aus mecklenburgischen Kirchen, die dort gefährdet sind, bewahrt sie – und gibt sie zurück, wenn sie wieder benötigt werden. In der Zwischenzeit dienen sie als Ausstellungsobjekte, erklingen aber auch bei Führungen und Konzerten. Vom Turm der Kirche hat man einen weiten Blick über den Malchower See, die Stadt und die Landschaft.

Das in seiner Gesamtanlage weitgehend erhaltene Kloster – nach der Reformation war es neben den Klöstern in Ribnitz und Dobbertin zu einem der drei adligen Damenstifte Mecklenburgs geworden – wird kontinuierlich restauriert. Zum Ensemble gehören neben Klosterfriedhof und Engelschem Garten auch Wohnhäuser und weitere Museen. Stadt, Klosterstiftung, Kultur- und Sportring sowie der Förderverein bemühen sich gemeinsam um den Erhalt und die Förderung von Kultur an diesem Ort. Eine Ausstellung zur Klostergeschichte ist ebenfalls in Arbeit.